CSSの変更は大きく3種類です。
1：テンプレート上にCSSファイルを作ってincludeさせる
デザインツール＞テンプレート＞赤枠です。CSSファイルは個別に作成をしてください。共通要素cssを管理するのに最適です。
2：モジュール単位でカスタムする
同じくデザインツール上でモジュールをカスタマイズするときは、html（兼hubl）＋css＋js を内包できます。モジュール単位で使い回しをしたい際にはこちらが有利です。
3：ページ単位
各ページ（LP、ウェブサイト、ブログ）の設定内に<head>内に記述できるエリアがあるのでこちらを使います。共通要素cssには向いていません。
配布テンプレートは人気があるものはどんどんアップデートされていますので、相性があるものが見つかると良いですね！
参考になれば幸いです。