Hola @Egoi
actualmente la única forma de evitar la duplicidad de empresas en HubSpot es por la URL/dominio de la empresa.
¿Porqué no es posible por el nombre? Pues porque el nombre puede estar mal escrito, o ser similar entre diferentes empresas, pero lo que hace a una empresa única es su dominio, no puede haber 2 iguales (salvo los casos de las subsidiarias o sucursales pero ese es un tema aparte).
Ahora si tienes una base de datos con muchas empresas duplicadas, lo que hacemos con muchos clientes, utilizando Operations Hub, es chequear utilizar el nombre de la empresa y algunas reglas de validación adicional para unificar y/o eliminar empresas duplicadas.
Espero te sea de ayuda.